Na zasadnutí obecného zastupiteľstva dňa 28.4.1923 sa obec zaväzuje zabezpečiť primeraný pozemok pre výstavbu Štátnej ľudovej školy vo Vtáčkovciach a berie na seba vecný náklad. Rozhodnutím ministerstva školstva zo dňa 1.11.1925 sa v obci Vtáčkovce zriaďuje štátna ľudová škola. S výstavbou sa započalo v auguste 1926 a 14. novembra 1926 bola stavba dokončená a slávnostne vysvätená. Prvý rok školu navštevovalo 31 detí z Vtáčkoviec a Ortášov. Prvým učiteľom na tejto škole bol Žigmund Sereday. V roku 1949 bola tiež zriadená škola v Kecerovských Pekľanoch pre deti vo veku 11 – 15 rokov. Slúžila aj pre deti z Vtáčkoviec. Tunajšia štátna dvojtriedna škola sa zmenila na jednotriednu pre deti vo veku 6 – 10 rokov. Takisto boli v tomto roku vykonané niektoré opravy na budove školy. V roku 1970 bola dokončená prístavba Základnej deväťročnej školy. Začala sa výstavba novej materskej školy. Robili to miestni občania svojpomocne. V roku 1972 bola dokončená výstavba materskej školy. Zároveň bolo urobené okolo nej oplotenie. Oplotená bola aj základná deväťročná škola. V budove Základnej deväťročnej školy je dnes Špeciálna základná škola a v budove Materskej školy je dnes Základná škola 1.-4. ročník.
Začiatok špeciálneho školstva pre deti s mentálnym postihnutím sa započal v roku 1982, kedy bola zriadená Osobitná základná škola. Prvým riaditeľom školy, ktorého menoval Národný výbor bol Štefan Paľo (1982-1992). V prvom roku navštevovalo školu 82 detí v elokovaných pracoviskách a to v dvoch triedach ZŠ Bidovce a v štyroch triedach ZŠ Kecerovce. V roku 1988 dostala škola starú budovu v obci Kecerovce so štyrmi triedami. V roku 1991 mala škola 26 elokovaných tried v 10 obciach. Od roku 1993 sa škola zjednotila a presťahovala do obce Vtáčkovce. Od roku 1996 v škole bolo 9 tried s 93 žiakmi. Od 1.9.2000 sa škola premenovala z Osobitnej základnej školy na Špeciálnu základnú školu.
Zmena zriaďovateľa od 01.01.2022 Regionálny úrad školskej správy v Košiciach, Zádielska 1222/1, Košice.
História riaditeľov školy:
Štefan Paľo (1982 – 1992)
Kamila Eliašová (1992 – 1998)
Anna Hudačková rod. Zámboryová (1998 – 2004 a 2013 – 2015)
Alica Breichová (2004 – 2013)
Marcela Roháľová (2016 – 2019)
Tomáš Pavol Kočiš (2020 – 2024)
Lucia Kobulnická (2024 - súčastnosť)
Realizácia rekonštrukcie školy formou projektu Zatepletnia ŠZŠ Vtáčkovce v rámci výzvy "Zníženia energetickej náročnosti školy" prebiehala od 8/2019 do 4/2020.
